MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halothece sp. PCC 7418 chromosome

Total Repeats: 71283

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019779	TGG	2	6	215	220	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428774687
2	NC_019779	TATGG	2	10	294	303	20 %	40 %	40 %	0 %	428774687
3	NC_019779	GGA	2	6	327	332	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	428774687
4	NC_019779	TCT	2	6	360	365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774688
5	NC_019779	CTG	2	6	379	384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428774688
6	NC_019779	GTG	2	6	459	464	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428774688
7	NC_019779	TAT	2	6	674	679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428774688
8	NC_019779	CG	3	6	713	718	0 %	0 %	50 %	50 %	428774688
9	NC_019779	GCT	2	6	722	727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428774688
10	NC_019779	GAAGCA	2	12	765	776	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	428774688
11	NC_019779	TTGA	2	8	783	790	25 %	50 %	25 %	0 %	428774688
12	NC_019779	CGA	2	6	944	949	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774689
13	NC_019779	TGC	2	6	979	984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428774689
14	NC_019779	AAT	2	6	1045	1050	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774689
15	NC_019779	ATA	2	6	1090	1095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774689
16	NC_019779	AT	3	6	1121	1126	50 %	50 %	0 %	0 %	428774689
17	NC_019779	TCAT	2	8	1208	1215	25 %	50 %	0 %	25 %	428774689
18	NC_019779	AGA	2	6	1228	1233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428774689
19	NC_019779	GA	3	6	1232	1237	50 %	0 %	50 %	0 %	428774689
20	NC_019779	AGA	2	6	1255	1260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428774689
21	NC_019779	AATTA	2	10	1345	1354	60 %	40 %	0 %	0 %	428774689
22	NC_019779	TTG	2	6	1387	1392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774689
23	NC_019779	CGCC	2	8	1402	1409	0 %	0 %	25 %	75 %	428774689
24	NC_019779	TCG	2	6	1426	1431	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428774689
25	NC_019779	AAC	2	6	1474	1479	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428774689
26	NC_019779	TCT	2	6	1484	1489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774689
27	NC_019779	TTCG	2	8	1500	1507	0 %	50 %	25 %	25 %	428774689
28	NC_019779	TCT	2	6	1514	1519	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774689
29	NC_019779	GAAA	2	8	1527	1534	75 %	0 %	25 %	0 %	428774689
30	NC_019779	AAT	2	6	1540	1545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774689
31	NC_019779	AAGT	2	8	1555	1562	50 %	25 %	25 %	0 %	428774689
32	NC_019779	TAT	2	6	1602	1607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428774689
33	NC_019779	T	6	6	1607	1612	0 %	100 %	0 %	0 %	428774689
34	NC_019779	GC	3	6	1619	1624	0 %	0 %	50 %	50 %	428774689
35	NC_019779	TTC	2	6	1651	1656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774689
36	NC_019779	TAA	2	6	1666	1671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774689
37	NC_019779	T	6	6	1675	1680	0 %	100 %	0 %	0 %	428774689
38	NC_019779	AAAAC	2	10	1685	1694	80 %	0 %	0 %	20 %	428774689
39	NC_019779	TCT	2	6	1718	1723	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774689
40	NC_019779	AAT	3	9	1750	1758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774689
41	NC_019779	TCT	2	6	1775	1780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774689
42	NC_019779	TCT	2	6	1811	1816	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774689
43	NC_019779	CCGAG	2	10	1869	1878	20 %	0 %	40 %	40 %	428774689
44	NC_019779	AAT	2	6	1917	1922	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774689
45	NC_019779	GCA	2	6	2003	2008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774689
46	NC_019779	TCT	2	6	2009	2014	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774689
47	NC_019779	A	6	6	2053	2058	100 %	0 %	0 %	0 %	428774689
48	NC_019779	TCT	2	6	2072	2077	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774689
49	NC_019779	AAT	2	6	2152	2157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774690
50	NC_019779	GCA	2	6	2182	2187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774690
51	NC_019779	AAT	2	6	2267	2272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774690
52	NC_019779	TTG	2	6	2403	2408	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774690
53	NC_019779	GAA	2	6	2423	2428	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428774690
54	NC_019779	GTG	2	6	2440	2445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428774690
55	NC_019779	TGT	2	6	2533	2538	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774690
56	NC_019779	AAT	2	6	2546	2551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774690
57	NC_019779	AG	3	6	2597	2602	50 %	0 %	50 %	0 %	428774690
58	NC_019779	CT	3	6	2610	2615	0 %	50 %	0 %	50 %	428774690
59	NC_019779	TTA	2	6	2651	2656	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428774690
60	NC_019779	T	6	6	2703	2708	0 %	100 %	0 %	0 %	428774690
61	NC_019779	TAAT	2	8	2739	2746	50 %	50 %	0 %	0 %	428774690
62	NC_019779	ACA	2	6	2767	2772	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428774690
63	NC_019779	AAG	2	6	2850	2855	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428774690
64	NC_019779	T	6	6	2858	2863	0 %	100 %	0 %	0 %	428774690
65	NC_019779	GTT	2	6	2940	2945	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774690
66	NC_019779	TTC	2	6	3024	3029	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774690
67	NC_019779	A	6	6	3032	3037	100 %	0 %	0 %	0 %	428774690
68	NC_019779	ATC	2	6	3048	3053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774690
69	NC_019779	C	6	6	3063	3068	0 %	0 %	0 %	100 %	428774690
70	NC_019779	TTG	2	6	3072	3077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774690
71	NC_019779	TTATCA	2	12	3149	3160	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	428774690
72	NC_019779	CT	3	6	3190	3195	0 %	50 %	0 %	50 %	428774690
73	NC_019779	GTT	2	6	3248	3253	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774690
74	NC_019779	ACA	2	6	3407	3412	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428774690
75	NC_019779	A	6	6	3429	3434	100 %	0 %	0 %	0 %	428774690
76	NC_019779	TCAA	2	8	3465	3472	50 %	25 %	0 %	25 %	428774690
77	NC_019779	GTT	2	6	3497	3502	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774690
78	NC_019779	T	7	7	3569	3575	0 %	100 %	0 %	0 %	428774691
79	NC_019779	GA	4	8	3597	3604	50 %	0 %	50 %	0 %	428774691
80	NC_019779	AT	3	6	3650	3655	50 %	50 %	0 %	0 %	428774691
81	NC_019779	TCT	2	6	3656	3661	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774691
82	NC_019779	TCCA	2	8	3700	3707	25 %	25 %	0 %	50 %	428774691
83	NC_019779	CTA	2	6	3738	3743	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774691
84	NC_019779	TGGG	2	8	3800	3807	0 %	25 %	75 %	0 %	428774691
85	NC_019779	AAT	2	6	3833	3838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774691
86	NC_019779	TGA	2	6	3893	3898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428774691
87	NC_019779	A	6	6	3977	3982	100 %	0 %	0 %	0 %	428774691
88	NC_019779	TTC	2	6	4006	4011	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774691
89	NC_019779	CCT	2	6	4040	4045	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	428774691
90	NC_019779	AAAT	2	8	4066	4073	75 %	25 %	0 %	0 %	428774691
91	NC_019779	TTG	2	6	4132	4137	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774691
92	NC_019779	CGT	2	6	4147	4152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428774691
93	NC_019779	TGT	2	6	4153	4158	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774691
94	NC_019779	TTG	2	6	4186	4191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774691
95	NC_019779	AGT	2	6	4205	4210	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428774691
96	NC_019779	CTT	2	6	4234	4239	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774691
97	NC_019779	TGA	2	6	4371	4376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428774691
98	NC_019779	TTC	2	6	4387	4392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428774691
99	NC_019779	TCA	2	6	4403	4408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774691
100	NC_019779	TGC	2	6	4415	4420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428774691
101	NC_019779	AAT	2	6	4431	4436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774691
102	NC_019779	ATG	2	6	4525	4530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428774691
103	NC_019779	ATC	2	6	4579	4584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774691
104	NC_019779	TGT	2	6	4601	4606	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774691
105	NC_019779	TTCA	2	8	4630	4637	25 %	50 %	0 %	25 %	428774691
106	NC_019779	ATTAA	2	10	4646	4655	60 %	40 %	0 %	0 %	428774691
107	NC_019779	AATG	2	8	5103	5110	50 %	25 %	25 %	0 %	428774692
108	NC_019779	TAC	2	6	5159	5164	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774692
109	NC_019779	AGA	3	9	5250	5258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428774692
110	NC_019779	AAC	2	6	5357	5362	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428774692
111	NC_019779	TGG	2	6	5419	5424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428774692
112	NC_019779	CAG	2	6	5459	5464	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774692
113	NC_019779	CAG	2	6	5512	5517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774692
114	NC_019779	TGG	2	6	5642	5647	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428774692
115	NC_019779	TGG	2	6	5657	5662	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428774692
116	NC_019779	GAA	2	6	5665	5670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428774692
117	NC_019779	GTCC	2	8	5704	5711	0 %	25 %	25 %	50 %	428774692
118	NC_019779	TGG	2	6	5757	5762	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428774692
119	NC_019779	CG	3	6	5872	5877	0 %	0 %	50 %	50 %	428774692
120	NC_019779	TG	4	8	6086	6093	0 %	50 %	50 %	0 %	428774692
121	NC_019779	TGC	2	6	6096	6101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428774692
122	NC_019779	GGCG	2	8	6226	6233	0 %	0 %	75 %	25 %	428774692
123	NC_019779	GAC	2	6	6259	6264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774692
124	NC_019779	AGC	2	6	6273	6278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428774692
125	NC_019779	TTA	2	6	6324	6329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428774692
126	NC_019779	ATC	2	6	6363	6368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774692
127	NC_019779	A	6	6	6372	6377	100 %	0 %	0 %	0 %	428774693
128	NC_019779	TTG	2	6	6481	6486	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428774693
129	NC_019779	AAT	2	6	6583	6588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774693
130	NC_019779	GTTC	2	8	6651	6658	0 %	50 %	25 %	25 %	428774693
131	NC_019779	TCA	2	6	6773	6778	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428774693
132	NC_019779	TCAT	2	8	6827	6834	25 %	50 %	0 %	25 %	428774693
133	NC_019779	CG	3	6	6926	6931	0 %	0 %	50 %	50 %	428774693
134	NC_019779	AAT	2	6	7021	7026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428774693
135	NC_019779	A	6	6	7081	7086	100 %	0 %	0 %	0 %	428774693
136	NC_019779	CTTC	2	8	7121	7128	0 %	50 %	0 %	50 %	428774693
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